Por suerte tenemos nuestro amigo Vim que sirve para todo, incluido cambiar la codificación de un fichero. Para hacerlo sólo tienes ponerte en modo comando y teclear: set fenc=utf-8

Y si los ficheros son muchos y no te aparece hacerlo a mano no tienes más que buscar con find todos los ficheros del tipo que quieres modificar y ejecutar el vim en modo automático, mas o menos algo así para todos los ficheros .php de un directorio:
find -name '*.php' -exec vim {} '+set fenc=utf-8' '+x' \;

A ver si no se me olvida para la próxima.