Imapsync es una de las herramientas mas versátiles que he encontrado para realizar este tipo de tareas, permite realizar combinaciones de todo tipo y como esta escrito en perl funciona en prácticamente cualquier sistema operativo.

En mi caso para la migración he preparado un script que me recogía el correo en el servidor origen y me lo guardaba en el destino eliminándolo del origen y autentificandose de forma diferente en cada uno de los servidores.  Algó así:

/usr/bin/imapsync –host1 pop.dominio-origen.com –user1 manuel@dominio-origen.com  –password1 clave1 –host2 imap.dominio-destino.com –user2 manuel@dominio-destino.com  –password2 clave2 –noauthmd5 –ssl2 –delete –expunge1